В папку settings копируешь все содержимое папки диск:\Documents and Settings\%Username%\Application Data\Skype (если её не видно - включи отображение скрытых папок и файлов в свойствах папки). Или же скайп сам после авторизации создаст нужные себе файлы, и потом подменишь вручную db файлы., в которых переписка и список контактов, вроде dc.db и main.db, возможно и другие надо подменить.
Вызов скайпа - батником START.bat. Для удобства создаёшь ярлык на батник и запускай с него откуда хочешь.

Из распакованной Skype_Portable_4.2.0.187_setup.exe был взят skype.exe для уже ранее готовой сборки. Повторно его брать не надо. Если возникнут проблемы, то лучше поищите ответа у Viktor_Kisel в ветке "Компьютеры » Программы » Skype (часть 6)", на данный момент там 3 страницы обсуждения, разбор идёт именно сегодняшней проблемы. Ссылки на рутрекере нельзя оставлять.